Theluthi mbili kati ya hizo zinapatikana kwenye ziwa hili tu. Familia yenye mafanikio makubwa zaidi, ni ile ya Cichlidae. Familia hiyo ina spishi zaidi ya mia mbili na zote isipokuwa tano hupatikana katika Ziwa Tanganyika tu. Pamoja na kiwavi mashuhuri wa maji ya baridi, zipo pia spishi nyingi za moluska na krasteshia na spishi mbili za nyoka wa majini zinazopatikana kwenye ziwa hili tu.

    Wakati idadi ya baadhi ya spishi za samaki zipatikanazo ziwani kwa kawaida ni ndogo, idadi ya samaki wa spishi sita zilizomo kwenye maji ya kina kirefu ni kubwa. Samaki hawa ni chanzo muhimu cha chakula na mapato kwa wakazi wa eneo hili.

Pamoja na kuwepo kwake kwa muda mrefu, ziwa hili pamoja na viumbe vyake vyote vimo mashakani. Hali yake ya baadaye haina uhakika. Flora (yaani jumla ya mimea) na fauna (yaani jumla ya wanyama) ya ziwa huenda ikashindwa kubadilika kulingana na mabadiliko yanayosababishwa na shughuli zinazofanywa na wanadamu. Matokeo ya mageuko ya mamilioni ya miaka yanaweza yakapotea katika kipindi kifupi tu. Mradi wa Bioanuwai wa Ziwa Tanganyika unalenga kusaidia kuzuia jambo la aina hii kutokea.